黄珣的母亲怀孕十四个月才把他生下来。黄珣自幼聪慧，读书过目成诵。成化七年（1471)考中浙江乡试第一名，解元。十年后又夺得进士第二人，授翰林编修，参与纂修《宪宗实录》，充经筵讲官，书成，升侍讲，赐宴及金币。又进左春坊谕德，负责国子监司业事，再升为南京国子监祭酒。母亲去世，他回乡守孝。孝宗感念他是经筵旧臣，特遣官为其母营葬并谕祭。守孝期满，仍补国子监祭酒。弘治十八年（1505)，升南京吏部右侍郎。正德二年，进本部尚书。因忤大宦官刘瑾被传旨勒令致仕。正德九年（1514）八月卒，享年67岁。赐祭葬，赠太子少卿。嘉靖初年，礼部提出，黄珣历事三朝，有清谨之名，宜赐谥。皇帝诏准，追谥文僖。
黄珣简易笃实，在担任经筵讲官时，凡进讲必反复开陈，以感悟圣主。在任南、北国子监祭酒时，对太学生们恩义有加。每有学子有病或去世，他总想办法为他们用药或为之殡敛。他还利用结余资金，修缮校舍公廨。
正德初年，刘瑾把持朝政，与其党羽马永成、高凤、罗祥、魏彬、邱聚、谷大用、张永在当时号称“八虎”，每日向武宗进献鹰犬，舞角觗之戏。又于西华门外筑豹房，“工役繁兴，民力罢弊”。黄珣与林瀚上疏议政，提出十二条兴利除弊的建议：有“隆大孝以先天下，集群议以决大政，改州治以奉陵寝，崇俭德以足国用，省虚费以赡军民，增贡举以进人才，修武备以御寇盗，省匠役以苏民困，节工役以省财用，清吏役以革宿弊，定马政以防欺蔽，大优容以广言路。”疏入，得罪刘瑾，遂将林瀚降职，勒令黄珣致仕归乡。刘瑾又因黄珣与大学士谢迁同为余姚人，恨之更甚，竟将京城凡余姚籍-一律外转不留。
黄珣为官平易厚重，为文也像他的为人一般。
著有《纷纷论稿》、《惕斋稿》、《东山文集》、《素庵诗集》等。