徐穆自幼聪敏，日记千余言。成化二十二年（1486)乡试第二。弘治六年（1470)殿试又第二，授翰林院编修。编修任满升侍读，与修《历代通鉴纂要》，其中宋、元部分多出其手。弘治十二年（1499)任会试同考官，慧眼又识得伦文叙，董玘及其他名士。正德元年(1506)，武宗命徐穆为正使，出使朝鲜颁布大明历法，并赐他麒麟一品服。徐穆一踏上朝鲜国土，便得知朝鲜国国王迎诏不准备行郊迎道跪之礼。徐穆便援古证今，反复分析利弊，终于说服了朝鲜国王，以最高的礼节恭迎大明天子的圣诏。在朝期间，国王屡次派遣陪臣提出多种多样的问题，但都没有难倒徐穆。完成使命归国时，朝方所馈赠的珍贵礼品，徐穆全部拒受，受到朝鲜国人的交口称赞。
徐穆回国后，参与撰修《孝宗实录》，充经筵讲官。当时正值大宦官刘瑾专权，刘瑾最看不上翰林-，独对徐穆的才能敬佩有加，并想让徐穆趋附于己，这样便可得到高官厚禄，徐穆全然不应，刘瑾十分恼怒。《实录》修成，按规定参与修书的翰林官应赠官赐币，但刘瑾以“文士不习世故，宜令练达时政”为由，将十余名不依附于己的翰林文士贬至各部署。当时徐穆正在家居丧，仍未逃出噩运，被贬为南京刑部员外郎、兵部员外郎。直到刘瑾事败被诛，徐穆才得以官复侍读。第二年，徐穆已染重病，但他抱病清理武官黄籍。当时翰林春坊一职缺员很多，在被推荐的人员中有徐穆的名字，可当武宗批复下达前三日，徐穆已病逝任上，时年仅44岁。
徐穆博学有才识，下笔千言，为文雅致。凡朝廷典章制度，民间风俗都了如指掌。徐穆有雄辩之才，每每议论英发，无所避讳，只可惜享年不永，士论惜之。徐穆去世后赠礼部尚书。