庄奇显19岁便乡试中举，考取第九名。26岁夺得一甲第二名，榜眼，授翰林院编修。成为其家乡六位考取鼎甲者中年龄最小的一位。第二年，他奉慈圣太后遗诏往河间诸路宣读。三年任满，恰逢父亲去世，他便辞官回乡守丧。到家后，他走遍大小山麓，为父亲求一方理想的墓地而不得，以至身体大损。万历四十八年（1620)，守丧期满回朝。
天启二年（1622）正月，升为南京国子监司业，不久即因病去世。
临死前，庄奇显写了一首绝命词：“非求生，求见0一日；非憾死，憾虚父母此生。求者空求，憾者永憾。不忠不孝，谁结吾局。”读之人人流泪。重病期间，恰闻征辽事败。庄奇显抚床扼腕恨自己不能“马革为殉，空毙牖下，不胜恨恨”。就连内阁首辅周延儒也哭着说：“没想到这世上还有如此之人。”
庄奇显生性孝顺，居家以正己为要。与人交往襟怀坦荡，心如金石，只可惜去世太早，未及大用。