孙醒东又名孙摩西，1897年9月16日生于南京市的一个木工家庭。其父及大哥、二哥均为木匠并经营过木匠铺。他从小就随父兄干木匠活，读过几年私塾，还在一家杂货店当过两年学徒。后来考入免交学费的教会学校学习。在上海三育中学读完初中及师范科后，于1924年赴美深造10年。1927年6月获波士顿依曼纽尔大学理学士学位，1928年获普渡大学农学学士学位，1930年获普渡大学农学硕士学位，1934年获伊利诺大学博士学位。他的博士论文是关于大豆育种的研究。由于他的兴趣广泛，1930—1931年还在威斯康星大学专修了牧草；1933年6月—1934年4月在美国万国农具公司专攻农业机械专业课程。
1933年在美的学业尚未结束，便接受河北省立农学院薛培元院长之聘。他于1934年4月归国先后在河北省立农学院、中央大学农学院、福建省立农学院任教授兼系主任。中华人民共和国成立后，他欣然接受河北省立农学院(1958年易名河北农业大学）之聘，于1950年2月至1969年12月在该校任教授、教研室主任、校学术委员会委员等职。
孙醒东很早就注意苏联威廉斯土壤肥力学说，1953年便开设牧草栽培学课程，并从事这方面的调查研究。此间，还兼任中国科学院植物研究所研究员，分别在保定、北京主持近10项科研课题，撰写论文20余篇，编著、译著10余部，其中《大豆》、《重要牧草栽培》、《国产牧草植物》、《重要绿肥作物栽培》等于1954—1958年相继出版，均为中国最早版本。1963年4月，国务院在北京召开全国农业科学技术工作会议，他作为知名教授出席了会议，并受到毛泽东、周恩来等党和国家领导人的接见。
1934年，孙醒东美国学成后，满怀拳拳赤子之心，即刻回到灾难深重的祖国。他认为，当时“政教日衰，百业颓废，事事落于人后”，因此，他孜孜于农业的教育与研究，借以报效祖国与人民。
做为一名教授，他主张中国的教育事业应当由中国人来办，必须从国情的实际出发，开展中国农业的研究，探索农业发展的道路。他认为，以往的中国高等教育带有浓厚的半殖民地色彩，在大学讲课都是采用外国教材。“若长此下去，不从本国的材料上着手，则寄人篱下，中国学术将永无独立之日，而于本国农业有何裨益，兴言及此，可不惧哉！”于是他在教学之余，对中国食用作物进行较系统的文献查考与实地考察，于1936年完成了20余万字书稿《中国食用作物》，1937年由上海中华书局出版发行。该书出版后，各大学、农学院都用它作为主要参考书；广大同行和读者称赞此书“注重本国”、“莫不以本国及地方之现实情形为研究之对象，询能一洗从前倚赖西籍之弊，而为中国农学上开一新境界”。抗日战争期间，他随中央大学入川并结合对西南地区粮食作物生产考察，在重庆对原书进行增订，并充实内容。1950年2月又在福建出了第三次增订版，并计划此后每5年增订一次。
他在教学和著作中，十分重视爱国主义思想教育，注意结合贯彻党和政府的方针政策，以激发大家的学习热情。他讲大豆，开宗明义便是“大豆在中国具有极其重要的国民经济意义”，“是祖国栽培最古老的作物之一，“其”栽培历史已有五千年”。“现在各国称大豆为Coя，Soja，Soia，soy，都是从中国菽字转音而来”。“大豆是中国的特产，并证实中国是大豆原产地”这是“值得我们兴高采烈和自豪的”。但“中国大豆生产是很低落的，我们应该潜心研究、培养地力，增加生力，树立雄心，大豆潜在力量是很大的，还可增产几倍哩！”
1953年，他讲授牧草学时，首先联系中国实际，指出“目前家畜饲养上所存在的问题，就是营养不平衡。”“中国地大物博，牧草资源丰富，草原广阔”，“国产牧草植物总数现有500种以上，但我们知道得还太少，没有发现的还很多。”他讲绿肥，把绿肥的栽培历史，绿肥种类也紧紧联系着中国的科学文化发展来说：“绿肥也是中国农业生产中栽培最古老的作物之一，也有五千年的历史”。“不论在栽培种方面，或野生种方面，甚至在绿肥的栽培技术方面，也都占世界第一位”。在讲授每个草种的发生与发展及其栽培利用时，也从历史到现在，从地方资料到劳动模范的经验，以及现代学术成就等，都做详细介绍，令学生耳目一新，不但注意反映乡土特色，弘扬祖国科学文化，而且也反映了执教人对国家、对劳动大众的深沉爱心，体现他那忠于祖国、热爱神州大地的思想情感。
孙醒东治学经验丰富，一专多能，学识广博，他任教的课程门类较多，尤其在师资不足的情况下，许多课程都由他主讲。他讲授过《进化论》、《耕作学》、《农场管理学》、《中国食用作物》、《生物统计》、《作物栽培学》、《牧草分类学》、《饲料生产学》、《绿肥作物》以及给研究生开设专题报告等。无论讲授什么课程，那怕已经讲过十几次的“拿手戏”，他在课前仍然要做认真备课，把最新的内容穿插到讲义中使同学们听讲后受到新的启迪。授课时，他语词生动，深入浅出，条理清晰，掌握时间，很能吸引学生注意力。他注意启发式教学，举一反三，联系实际，循循善诱。他严于律己，从不迟到早退，也严格要求学生。在教学过程中，他能够深入到学生中去，或进行个别帮助或与学生攀谈，听取意见，加以改进，体现了教学相长的精神。他十分重视理论联系实际，经常带领学生下乡；下场生产实习，向工人、农民、劳动模范学习，总结群众经验，传授先进技术。1958年，他下乡到沧县这个有名的盐碱窝，与师生、农民共同种水稻试验田。他不仅结合现场对下乡同学进行实地教学，同时指导农民种植水稻和绿肥。在沧县，他曾与下乡的侯宝林相声大师在广播里穿插播音，提高了传授技术的效果。那年由于管理得法，农民喜获水稻丰收。他搞的丰产田亩产近千斤，受到县领导和广大农民的好评。
他带领青年同志和研究生外出考察时，重视培养年青人的实践能力，每次都要事先制定考察计划，进行必要的分工、作好调查记载等，先由青年同志写出专题报告，然后由他亲笔修改，深化提高。有时一篇报告草稿要反复修改数次才能定稿。
孙醒东从事数十载的教育事业，辛勤耕耘，关心和爱护青年一代的成长，培养了几代科技人才，真可谓桃李满天下。
孙醒东是中国研究大豆、牧草及绿肥作物的先驱者之一，对中国的大豆、牧草、绿肥的资源和分类进行过开拓性的研究。
他亲自搜集豆类原始材料数百份，从中选育出富含蛋白质的大豆新品种“保定青皮青”。1952年，他在大豆品种的分类研究中，不但提出了分类方法，而且对中国大豆的重要品种资源做出了总结，并于同年发表了《大豆的品种分类》一文。他在1956年出版的《大豆》一书，已闻名中外，1958年被苏联凯戈里多夫译成俄文本《Cоя》，在莫斯科出版。这本书系统介绍了大豆生产的专业知识，同时弘场了中国大豆栽培上的悠久历史和文化。70年代初在新加坡召开国际大豆学术会议，还曾函请孙醒东出席会议，可惜他已过早地离开了人间。
他在牧草和绿肥作物研究方面，也做了重要贡献。1954年出版的《重要牧草栽培》一书，介绍了中国的资源多达230余种；1955年与胡先骕合著了《国产牧草植物》；1958年出版的《重要绿肥作物栽培》一书，至1963年已进行第三次印刷。1958年10月，他在《农业学报》上发表了题为《中国几种重要牧草植物正名的商榷》一文，附有牧草植物名称对照表，并列举有国内常见的草种43个。此文对一些同物异名、同名异物、张冠李戴或缺少适当中译名的牧草植物进行了正名或增补。在牧草分类方面，国产苜蓿属、车轴草属、草木栖属等的分类检索表都是根据他自己研究鉴定的结果制定的。
孙醒东的兴趣广泛，从事的科研项目也多，但从计划、实施到总结每一步都是很认真的。他在花甲之年还时常骑自行车到10几里路以外的试验地做调查记载。有一次晕倒在半路上。校领导劝他不要再亲自去了，可由助手多做一些工作，但被他婉言谢绝了。从1957年至1960年间，他和缪应庭先后从全国各地征集了108份绿肥作物品种，分别在沧县、保定等地种植观察其在旱田、水稻田、盐碱地、果园等条件下的表现，最后选择出适于华北等地区栽培的10个品种。尔后又进行了品种比较试验、生物学特性、生产效能、地上部和地下部生长与环境条件的关系及化学成分分析以及肥效测定等比较全面的研究，最后完成了两篇论文：一是《华北地区重要绿肥作物根系的研究》(共18种绿肥），揭示了绿肥作物地下部生长对产量的贡献及根系的分布规律。就总长度而言，根系在土层中的分布有自上而下递增的趋势；就重量测定，根系在土层中的分布则由上而下递减。二是《华北地区重要绿肥的研究》，认为田菁、沙打旺、葫芦巴、毛巢菜等综合性状良好，适于华北地区种植。
为了促进畜牧业的发展，他对中国的许多草原都进行了实地调查。在对东北、内蒙、宁夏、河北坝上等草原的植被条件、地质地貌、土壤、气候条件进行大量调查之后，撰写了《中国东部四大草原建设问题》的论文。文中强调：一要重视草原建设。二要贯彻农牧并举，以牧为主的方针，粮牧结合；以农养牧，以牧促农，做到人有余粮，畜有存草，粮草双丰收。三要实行农具改革，坚持“土洋结合”和两条腿走路的方法。四要大力提倡人工培养牧草，有计划地进行单地培育与改良，改善其生态环境，提高生产、生态水平，使天然草原和人工草原相结合，建立永久性的饲料基地。孙醒东把他的真知灼见全都凝集在这篇约万字的文章之中。他的这些见解是正确的，在今天仍然具有重要意义。
文革期间，他遭到了不公正的对待，精神上受到很大的摧残，但他始终如一，坚信党，坚信社会主义。他告诉夫人自己一定会得到解放，并争取早日恢复工作。然而不幸的是，由于突发脑溢血病，他在1969年12月24日与世长辞，终年72岁。孙醒东为中国农业教育事业和农牧业的发展奋斗了一生，做出了不可磨灭的贡献。