吴福元，岩石学家。中国科学院地质与地球物理研究所研究员。1962年8月生于安徽省庐江县，籍贯安徽庐江。 1984年毕业于长春地质学院，1987年和1990年分别获该校岩石学硕士和博士学位。
主要从事花岗岩成因与大陆动力学研究。在花岗岩成因类型划分、区域地质过程及大陆地壳增生机制等方面取得了系统性创新成果。提出东北大面积花岗岩主体形成于中生代并受古太平洋板块俯冲控制、华北中生代花岗岩是克拉通破坏的岩石学标志等诸多认识；构建了利用花岗岩制约印度-亚洲大陆初始碰撞时间的新手段；主持建设了以Hf同位素为特色的激光矿物微区同位素分析与研究实验室，开拓新的实验技术与方法，为岩石学研究提供了重要技术平台。曾获国家自然科学奖二等奖、发展中国家科学院（TWAS）地球科学奖。