丘巨源（？—484年），兰陵（今山东苍山兰陵镇）人。南朝齐文学家。
丘巨源少年时期，在丹阳郡举为孝廉，为宋孝武帝所知。大明五年（461年），敕助徐爰撰修国史；大明八年（464年），江夏王刘义恭使掌书记。“明帝即位，使参诏诰，引在左右”，成为内廷中显赫的文士。之后，“自南台御史为王景文镇军参军，宁丧还家。”（《南齐书·丘巨源传》）宋废帝元徽初年，大权已旁落到萧道成之手中，同时刘宋政权进入纷乱的衰败之期。刘休范父子有问鼎之志，“以巨源有笔墨，遣船迎之，饷以钱物”。拟请丘巨源去他们藩守的浔阳。丘巨源没有贸然行动，而萧道成又命他暂留京师，使其未党附刘休范父子而随顺了萧道成，并在刘休范谋反时，于中书省撰写征讨檄文，立了大功。然在事平之后，却仅除奉朝请，丘巨源心存怨望，遂上 书尚书袁粲。这封书信的中心议题是：“议者必云笔记贱伎，非杀活所待”；而丘巨源则认为：“仰观天纬，则右将而左相；俯察人序，则西武而东文，固非胥祝之伦伍，巫匠之流匹矣。”对于“笔记”两种截然相异的观点的驳析，目的在于扭转现实社会中对于“笔记”极其冷落的待遇。所以丘巨源认为：如果似吴迈远因作檄文附助刘休范父子“即就粉”，那么“临机新齐，独能抽刃斩贼者，唯有张敬儿；而中书省独能奋笔弗顾者，唯有丘巨源”。全文情辞慷慨，论议辩难，颇能动人。然终宋之世，历诸王府，转羽林监，未得重用。
建元元年（480年），萧道成代宋称帝，丘巨源亦未得到重用，仅授尚书主客郎中，领军司马、越骑校尉。沈攸之拥兵荆州抗拒萧道成，又使巨源为檄文，以此再望封赏，又未得。自此丘巨源意常不满。武帝初，拜武昌太守，巨源以古语“宁饮建业水，不食武昌鱼”为托辞，不受，乃改任余杭令。时明帝萧鸾出为吴兴太守，巨源作《秋胡诗》，语含讥刺，遂被杀。《秋胡诗》今不传，内容不得而知。丘巨源所作诗载《玉台新咏》的有《咏七宝扇》、《听邻伎》，大抵为齐梁之音，不见有什么特色。
丘巨源诗文，《隋书·经籍志》著录有集10卷，已佚。