龚宝铨，1902年（光绪二十八年）留学日本，先后在清华、振武两校读书。心忧国患日深，立志推翻清朝。
1903年（光绪二十九年）为反对俄国吞并我国东北的阴谋，在东京与黄兴、陶成章、钮永建、杨笃生等成立拒俄义勇队，后改组为军国民教育会。1904年（光绪三十年）回国，热心暗杀活动，在上海发起组织暗杀团，在上海与蔡元培、陶成章等创立光复会，为光复会的重要领导人之一，还先后介绍章太炎、徐锡麟等人入会。1905年（光绪三十一年）参加同盟会。为掩护革命活动，徐锡麟与陶成章、龚宝铨密商，通过捐官取得清政府同知官职，以掌握实权。其后，徐锡麟以捐官身份去日本、北京、安徽活动；宝铨与陶成章则深入浙东内地，联络会党，壮大光复会力量。与陶成章、徐锡麟等建立绍兴大通学堂，以之作为据点培养革命骨干力量。1906年（光绪三十二年）夏，宝铨与陶成章去安徽芜湖中学堂，以教员身份为掩护进行革命活动。不久，同盟会在萍乡一带起义失败，宝铨与陶成章因避祸而离职。1906年章太炎出狱后，曾以女妻宝铨。
革命生涯
1907年（光绪三十三年）春，与陶成章同赴日本，不久又与李柱中等去荷属南洋群岛(今印度尼西亚)联络侨领，创办学校，集聚革命力量。
龚宝铨在日本时，章太炎正任《民报》主编，遂发起组织章太炎讲学，参加听讲的有其好友鲁迅、钱玄同、许寿裳、朱希祖等。1908年(光绪三十四年)秋，民报馆被查封，宝铨将其掌握的浙籍党人名册销毁，保全了同志。
在辛亥革命以前近10年中，龚宝铨从事革命，艰苦卓绝。其在《龚味荪自叙革命历史》中说：“见利不惑，临强不挠”。后同盟会与光复会矛盾日深，宝铨顾全大局，努力调停，但未奏效，因而逐渐消极退避。浙江光复后，宝铨回国，值陶成章被刺，痛惜不已，乃脱离政治活动，研究佛学，自号独念和尚。期间曾于1912年任浙江图书馆副馆长、馆长，刊印章太炎的《章氏丛书》，派人赴京抄录《四库全书》。同年与俞炜、徐则恂奉委为浙江稽勋分局负责人。1916年，袁世凯阴谋称帝，宝铨参与谋划驱逐拥袁的浙江都督朱瑞。浙江宣布独立后，任都督府外交顾问，并当选为省议员、副议长。1921年春被聘为省自治筹备处评议员，同年夏当选省宪法会议议员。晚年精研佛学，与范古农等组织嘉兴佛学研究会。
1922年6月因肺病逝世，墓葬杭州灵隐寺五字桥。“文革”中，墓被毁，遗骸移葬附近的龙门山。1931年，嘉兴建辛亥革命烈士纪念塔，龚宝铨列为七烈士之一。
龚宝铨原配系章太炎长女。1915年9月，因袁世凯囚禁其父，自缢于北京寓所。续娶嘉兴褚明颖(褚辅成侄女)，无子女，以侄龚肇文为嗣。