关于明智光秀早年的事迹，记载甚少。根据明智军记记载，明智光秀最初侍奉美浓明智城主斋藤道三，后来道三成为大名，他亦成为斋藤氏家臣，后来因为义龙和道三的内乱，光秀支持道三，道三在长良川交战战死，光秀及家人来到若狭武田氏后前往越前朝仓氏，其后随足利义昭一同投靠织田信长。
本能寺之变
织田信长家臣时代
与信长结盟后，在京都执行政务工作。在加入织田信长家臣团后因功勋卓着而受到重用，1568年协助攻打观音寺城，并在隔年的本圀寺之变中抵御三好三人众的反扑建立功劳，但是足利义昭突然谋反，试图与织田氏邻接大名成立信长包围网，光秀决定叛离义昭，成为了织田信长的直臣，其后为信长在攻打浅井及朝仓立下功绩，在1571年被分封到近江国滋贺郡，并筑起坂本城，赐姓惟任，官至日向守。
一国之主
明智光秀为信长参与一向宗以及应付荒木村重的内乱，肃清内乱后再被信长任命攻打丹波国的波多野氏，在1577年成功击败波多野秀治，成为一国之主，接着光秀在该地筑起了新的龟山城及福智山城，拥有指挥织田家附近城主的重要武将。由于他的领地在近畿地方亦被称为“近畿管领”（与关东管领不同，纯粹是一个称呼，并非实在的官位）
《明史》外国列传二百一十外国三也曾记载日本部份的该段史迹，不过可能源自于听说，所以文0现阿奇支为织田信长部下，但织田最后死于明智之手的记载，阿奇支（Akechi，日文明智的念法）与明智事实上都是明智光秀。
本能寺之变
明智光秀为何突然叛变织田信长，到今天仍然是未解之谜，由于正史上没有明智光秀本人出现在本能寺的记载，所以近年也有多家学说认为明智光秀背了黑锅，而主谋可能是羽柴秀吉或德川家康，或者千利休、蜂须贺-等。然路易斯·弗洛伊斯于《耶稣会日本年报》上记载当时明智光秀率军冲入本能寺并向织田信长射箭；当时的权中纳言山科言经的《言经卿记》亦明记发生时间与明智光秀冲入本能寺。以下为主要几种说法，但都没有确实的证据：
怨恨说
在天目山之战后，信长邀请家康参加庆功宴，当时光秀负责接待家康的工作，但信长因为不满光秀的招待品太过昂贵以及嫌湖水的鱼味道有异，因此斥责光秀，并命令由其他人负责工作，在家臣的劝阻下，才由光秀继续接待。
其他一连串事件包括：
当光秀攻下波多野氏的八上城后，信长决意斩杀波多野秀治和波多野秀尚，结果在交换人质前惹怒了波多野的家臣将光秀的母亲（亦有说是并非光秀真正的母亲）杀害。
在征伐武田胜赖之时，光秀因为失言被信长斥责，然后被侍童森兰丸以铁扇打光秀。
坂本城的城主将会由森兰丸就任，因而光秀会失去该地的领土。
虽然明智光秀屡立战功，但织田军的大权却逐渐落在与光秀有过节的的猴子（丰臣秀吉）手里，光秀逐渐被冷落，使光秀心生不满。
野心说
也有一说，指光秀本身已有觊觎天下的野心。高柳光寿在其所着的作品‘明智光秀’中就立张这个看法。但这一点又和本能寺之变后光秀失魂落魄的反应有所矛盾。
四国说
明智光秀的重臣斋藤利三与四国大名长宗我部元亲有婚姻关系，但在1580年信长开始对四国进行侵略，利三集合讨伐四国的武士，实际上在本能寺攻击信长。
不安说
织田信长在长筱之战后放逐了佐久间信盛和林秀贞，光秀担心信长会对家中的重臣进行大规模的放逐，为免失去一切，于是尝试谋反。
天皇说
因信长有取代天皇之意，打算使正亲町天皇让位。近几年，立花京子用各种论文指出，朝廷即诚仁亲王和近卫前久是这个事变的中心人物。成就了“朝廷黑幕说”，亦是作品‘天正十年夏天记’故事情节的主要根据。
幕府再兴
在发动本能寺之变前，有传光秀有意将足利义昭复兴，于是征伐中国时，将织田信长解决，借机制造混乱，让义昭有机会回京。
黑幕
关于黑幕的说法，支持者总会在事件中加上另一位人物的名字，当中以德川家康和丰臣秀吉最为常见。德川家康的版本是当时家康长男德川信康被信长下令切腹，家康担心自己的将来，于是想到暗杀信长。秀吉的说法是因为佐久间信盛和林秀贞被放逐后的影响。另外这两人在政治、军事上也是最有动机，故也有野心之说。其他的说法有织田信忠、细川藤孝等。
私生子说
有关私生子的说法，有传闻说光秀在外爱上了一女子，但因为正室熙子强烈反对致使光秀迟迟无法娶她入门，后来那女子生了名孩子，光秀溺爱他甚于光庆，有打算让他作为嫡子。此事被远在中国攻打毛利势力的秀吉知晓，便委托忍者抓了那对母子，之后迫使光秀陪他来演场戏，那就是着名的“本能寺之变”。由光秀来扮演坏人，讨伐了主君织田信长，再由秀吉饰演英雄角色率领军队打着正义之师的名号来讨伐光秀，这样一来秀吉便可名正言顺的握有更大的权利甚至取信长而代之，而光秀也在秀吉的安排下假装被民兵杀死，其实是隐居起来与妻儿享受人生的黄昏。这个说法比较浪漫，但过于阴谋论。
身死
光秀在6月3日，4日期间费力劝降诸方势力，尤其是女婿细川忠兴加入，但震慑于当时信长存活的市井传说（织田信长对背叛者的处置十分惨烈），以及对光秀背叛行为的不齿，多数部将选择按兵不动，少数支持者听到秀吉军回师的消息即撤军回师。6月5日光秀进入安土城。7日，朝廷派敕使拜访明智光秀，任命其为京都守护。9日正准备前往京都时接到了秀吉回师的消息后出兵山崎。光秀回军于6月13日与丰臣秀吉、丹羽长秀、织田信孝等战于天王山，由于兵单势微，加上多数部将选择支持打出讨逆叛徒口号的秀吉军，明智军溃败，光秀循小路欲逃回阪本，却于当日深夜在小栗栖被刺杀。