耿焞，字青藜，辽东都指挥使司(今辽阳）人。初为明诸生，后流寓湖广。清顺治二年英亲王阿济格克湖广诸郡县，投诚，令随总兵金声桓收江西，委署布政使，寻署巡抚。
顺治三年五月，江西提督金声桓揭报原署巡抚耿焞今解任闲居，犹共职等协衷绸缪，一心调度，故豫章全省次第收服，抚剿之功，实惟耿焞有同体焉，伏乞敕部即行铨授耿焞两广巡抚。
顺治四年改顺天巡抚、右佥都御史。疏请增昌平台兵饷。《清世祖实录》记载：“顺治四年丁亥三月壬寅朔。己未，江西巡抚耿焞为都察院右佥都御史、巡抚顺天等处。”《清史稿·世祖本纪》记载：“四年三月己未，以耿焞为顺天巡抚。”顺治五年三月擢宣大山西总督。疏请分别豁免云中民田、屯屯粮额。是年十二月因故明大同总兵官姜瓖兵叛大同，脱走阳和而被免职。《清史稿·世祖本纪》记载：“五年三月辛酉，以耿焞为宣大山西总督。十二月辛卯朔，命郡王瓦克达，贝子尚善、吞齐等诣阿济格军。调八旗游牧蒙古官军之半，戍阿尔齐土苏门哈达。癸巳，姜瓖以大同叛，总督耿焞走阳和。”顺治六年，授山东布政使。《清世祖实录》记载：“顺治六年己丑五月己未朔。丙子，初宣大总督耿焞因姜瓖谋叛不能觉察，降为巡抚。至是，吏部以耿焞不堪复任巡抚，请以左布政使用。从之。”“顺治六年己丑九月丁巳朔。乙丑，降前宣大总督耿焞为山东布政使司左布政使。”十年，大计卓异，擢通政使。《清世祖实录》记载：“顺治十年癸巳夏四月丙申朔。乙卯，赐大计卓异官山东布政使司左布政使耿焞等五十三员蟒袍各一袭。”“顺治十年癸巳五月丙寅朔。壬辰，升山东布政使司左布政使耿焞为通政使司通政使。”十一年至十五年命巡抚山东，加兵部侍郎衔。《清世祖实录》记载：“顺治十一年甲午二月壬戌朔。壬午，升通政使司通政使耿焞为都察院右副都御史、巡抚山东。”《清史稿·世祖本纪》记载：“十一年二月壬午，以马鸣佩为宣大山西总督，耿焞为山东巡抚。”