马国柱（？—1666年），辽阳人，隶汉军正白旗，清初重要大臣。生年不详，早年对皇太极完善清朝制度方面贡献颇多，是当时重要的汉臣之一。他在清军入关后奉旨担任江南江西河南总督，他也是清朝占领两江地区后的首任总督。康熙三年（1664年）二月病逝。
早年仕途清太宗天聪初年，马国柱担任文馆的职务。天聪六年（1632年），诸生胡贡明请求更变用人的旧制，马国柱上疏皇太极说：“把家比喻成国，皇上就相当于家长，诸位贝勒就像是子弟一样，而人民就像是妻子和子女。家长都注重会持家的人，而子弟门都喜欢能说会道、善于迎合的，各自的喜好不同，不能强迫各自顺从对方。我们国家现在正直无私的人大多贫贱，而贪婪自私的人却大多身处高位。正直之人被罢黜而曲意逢迎之人却得到重用，这是想要使国家强盛的举措吗？您应该采纳胡贡明的建议，用人不要区分是新人还是旧人，有才能的人都应该被您所用。如果因为先汗王所定的八旗旗主分养人士的规矩而有所迟疑，试想一下先汗王时虽然是各旗分别豢养很多人，但是最终是大汗决定他们是否被起用。现在和先汗王时期相比，那个更好呢？况且能够继承先汗王的遗志才能说这是大孝。先汗王就算至今还在，也应该变更旧制。如果对国家有利，为何还拘于那些小节？况且对八旗其他人有利，那就对大汗不利了，这实在是不可以的。”在此以前，马国柱与高鸿中、鲍承先、宁完我、范文程等一起上 书皇太极请求设置言官，这篇奏疏中提到的；以前多次上 书的扈应元、徐明远、许世昌、仇震等人的疏中都提到了。明朝兵部的官员在永平投降了后金，隶属于镶黄旗。马国柱上疏请求定法度，设立考核官员将领的制度，禁止官员与将领克扣士兵，并完善了很多管理的制度。天聪八年（1634年），清太宗命礼部设科取士，考中的就是举人，马国柱去参加了。并且和以前一样去文馆当值。崇德初年，清朝开始设置都察院。崇德三年（1638年），皇太极授予马国柱都察院的理事官之职。清朝创立汉军八旗之后，马国柱隶属于汉军正白旗。巡抚山西顺治元年（1644年），马国柱跟从清军入关，官授左佥都御史。清朝大军占领了山西的大同、代州，七月，清政府任命马国柱以右副都御史的身份去山西做巡抚，马国柱取道昌平，出居庸关，到山西代州任官。清军自忻州出兵攻克了太原，马国柱也跟着进驻太原。大军出行时，马国柱为其出谋划策。汾州、平阳、潞安、泽州各地依次被清军克复。李自成的大将李过、高一功败退到了陕北的绥德，马国柱上疏请求清政府分兵东西夹击他们，使他们首尾不相应，顺治帝听从了他的建议。顺治二年（1645年），马国柱派遣游击杨捷攻打并斩杀了阳曲的盗匪首领阎汝龙，又派遣大将去讨平岚县的盗匪高九英，招降了四十余寨。交城的盗匪首领梁自雨、河曲的盗匪首领李俊与高九英成掎角之势，马国柱再次分兵去攻伐。马国柱巡抚山西一年有余，捕杀诛灭了李自成潜伏在民间的农民军余孽，安定当地秩序并安抚人民，人们逐渐的恢复了各自的职业。过往的客商和军人，他都悉心去安置他们。同年十月，马国柱被提升兼兵部侍郎，总督宣大。南方平乱顺治四年（1647年）七月，马国柱加兵部尚书，被任命去总督江南省（今安徽、江苏）、江西、河南三个行省。成为清朝占领两江地区后的首任总督。顺治五年（1648年）正月，安庆的为乱者冯洪图攻陷安徽巢县，并攻掠了无为，马国柱令按察使土国宝跟从侍郎鄂屯率领大军去讨伐，擒获了冯洪图及其党羽蒋懋修、钟武等人。后来江西总兵金声桓叛乱，他的大将潘永禧进犯徽州，马国柱派遣满洲驻防的官兵去击破了他们，克复祁门、黟县二地。顺治帝命征南大将军谭泰率领大军讨伐金声桓，连克九江、南康、饶州等地。南明的尚书余应桂占据都昌，在鄱阳湖上出没，马国柱命令副将杨捷等人跟从谭泰攻克了都昌，擒拿了余应桂；又在武宁击败了余应桂的大将邓应龙等人。十月，广东的叛将李成栋自南雄侵犯江西赣州，马国柱派遣大将与江西巡抚刘武元合兵击杀李成栋。顺治六年（1649年），王定安在湖广为乱，攻陷罗田，并且与英山的盗匪陈元等人相勾结攻掠霍山，马国柱派遣中军副将朱运亨等攻打他们，在三尖山大战，陈元等人不敌逃走了；马国柱又令总兵卜从善围剿白云、梅家、英窠等寨的叛匪。南明石城的王统锜率领五千余人自金紫寨前来支援，背靠着山列阵，卜从善与他们进行大战，俘获了许多他们的人马，擒拿了叛匪所置的总兵孔文灿、副将方学达等人。马国柱又率领大军与江宁昂邦章京巴山、提督张大猷合兵一处讨伐六安的盗匪，围将军寨，击斩张福寰，招降盗匪所置的总兵王俊、副将霍维伦等人。安徽境内的各个势力，往往依山结寨相勾结，至此都被平定。明鲁王朱以海在舟山，他的大将吴凯占据大兰山，顺治帝命马国柱去剿抚。马国柱知宁波诸生方圣时与朱以海的大臣严我公是好朋友，就让方圣时去招降严我公，严我-降，马国柱护送他去京师。顺治帝派遣他去招降吴凯，马国柱又写了书信，吴凯与他的将顾奇勋、姜君献、陈德芝等人全部投降。总督两江顺治七年（1650年），马国柱官加太子少保。顺治九年（1652年）七月，张自盛在福建为乱，很快进入江西境内，马国柱和提督刘光弼击斩他们所置总兵李全等，很快擒拿张自盛。顺治十一年（1654年）正月，南明大将张名振攻打崇明、刘河、吴淞，马国柱招募水师，派遣总兵王璟、副将张恩达分别率领水军，在靖江打败张名振，又在泰兴击败了他，并捣毁了他的战船，张名振败退。二月，赖龙在湖广为乱，号为“红头贼”，从桂东地区侵入江西境内，马国柱与湖广总督祖泽远合兵攻打桂东，平定叛乱后，又加封为太子太保。晚年逝世之后马国柱很快告老退休了。马国柱刚刚到江南的时候，驻防兵与老百姓关系不融洽，马国柱巧妙地加以安抚民众，很快使得军民之间相安无事。康熙三年（1664年）二月，马国柱病逝。