马孟祯桐城人。万历二十六年(1596）进士。授分宜知县。升御史。多论劾。曾建议通壅蔽、录直臣、决用舍、恤民穷、急边饷五事。四十二年，考选科道，中书舍人张光房、知县赵云昌等，因言论得罪当权者，被抑制不得入选。孟祯不平，具疏论奏。当时三党势力很大，忌他傥直，调广东副使，托病不赴。天启初，起南京光禄少卿，召改太仆。魏忠贤专权，革职。崇祯初，复官。恨赵世卿抑制自己，刚上任即上疏弹劾世卿，人以为他狭隘。