翁之琪（？～1644），字元倩，浙江仁和人。明思宗崇祯十三年（1640）庚辰科武举第一人。
翁之琪的祖父翁汝进是万历乙未进士，历官广西参政。翁之琪自幼敏练，卓荦自命，初为儒生，名珏，专攻举子业，但是三次科考均未获通过，乃投试武场，中崇祯十二年乡试武榜。第二年，崇祯皇帝钦选将才，见其神骨森挺，认定将来必是忠孝之人，遂擢第一。
翁之琪武场高第的消息传至家乡的那天，其祖父翁汝进正在家里与客人饮酒，听到翁之琪武场辄隽，酒兴全无，将手中的酒杯重重放下，叹道：“余游宦无多长，唯督挞弁夫称能，安得清白束子孙，俛为人执鞭！”翁老先生没想到自己最中意的孙子竟弃文从武，羞愧万分。由此可见明代重文轻武，在士大夫的意识中已根深蒂固。国家已然到了大厦将倾的地步，极需将帅之才，而那些文人腐儒依然耻于从武，大明之亡不远矣。
翁之琪中武状元之后，先是被任命为舟山守备，曾讨平海寇陈虎。东阳许都反叛，两浙危急，翁之琪奉调前往围剿，因功升参将，镇守金衢等处。“甲申”三月，李自成攻入北京，翁之琪率领自己的精勇之士，跟从故帅黄斌卿勤王，从水道入京口。恰闻崇祯帝自缢煤山，而福王在南京登基，
遂奔向南京。福王为褒奖其忠能，升他为总兵官。左良玉的义子左梦庚反叛，翁之琪受命从水陆迎击，翁之琪率水师在丛苇中埋伏下火炮，以五艘舰船引诱左师至荻港，火炮齐发，将叛军击退。后又将陆上左梦庚的余部消灭。捷报传来，朝廷特加翁之琪太子少师，以左都督（正一品）挂征南将军印。
清兵大举南下，南京失守。此时翁之琪驻军芜湖。福王弃城，奔靖南侯黄得功处。黄得功刚与左良玉军交战，闻之即归营，泣曰：“陛下死守京城，臣等犹可借势作事，奈何听奸人之言轻出，进退将何所据，此陛下自误，非臣等负陛下也。臣营弱薄如此，其何以处陛下哉。”遂立即登上翁之琪的舰船，共同商议南迁大计。广昌伯刘良佐，过去与黄得功过从甚密，黄得功遂草拟血诏相邀共事。此时刘良佐已投降清军，而黄得功仍蒙在鼓里，只带百余侍从，葛袍便帽，驾一小艇来到刘良佐处。刘良佐出迎甚恭，就坐后，黄得功审视良久，忽然发现刘良佐象征降清的发辫露了出来，立刻拍案而起，可是为时已晚，被刘良佐的卫士团团围住，逼黄得功也降清。黄得功怒道：“即若尽叛去，吾一人乃不能奋报天子哉！”语未毕，流矢贯喉，黄得功即拔刀自刎死。
据说黄得功生前本不认字，但清初有人降乩，说黄得功有题诗：“悲风萧瑟故园秋，战马咆哮岂自由。只为皇恩多雨露，故将朽骨付吴钩。”颇似得功语气，生而忠义，没而为神，这是有道理的。又有人说：“夫人生不知书，死则识字，盖为鬼或多灵气耳。况忠义大将，前身原非凡质，成神赋诗，殆不可诬。”
黄得功一死，部队失控，江上一片混乱。有一个叫田雄的人，过去曾是黄得功的部下，他抢先登上翁之琪的船，冒死挟持福王而去。翁之琪阻拦不及，眼睁睁看着福王被掳走，只得站在船上哭送，后拔剑自刎。田雄将福王献于清豫王。清朝授予他提督浙江全省，加太子太保总兵官、都督同知，镇守浙江。当初，田雄背福王投向清军时，福王非常愤怒，在他的肩上恨恨地咬了一口，遂成人面疮。当时是在五月，故每逢夏五月便发作，痛不可忍，田雄每日食肉三斤，总要以一脔敷在疮上，痛稍止，顷之复痛，再换新肉敷之，痛乃缓。已而复痛，复敷，不得休息。如是者凡十八年，至康熙二年五月二十日，终以此疮痛死。
据《敕修浙江通志》记载，南京失陷，翁之琪恸哭不已，自沉于芜湖板子矶。传说翁之琪的尸体在湍急的河流中，逆流三日而不沉没。人们收其骸骨，发现仍如生前一般。