余孟麟之父余光官御史，因忤严嵩被削籍。
余孟麟于嘉靖四十三年（1564）乡试中举，万历二年（1574）会试第六名，殿试夺得榜眼。万历四年（1576)六月，参与由首辅张居正主修的《大明会典》，担任纂修官。万历十四年（1586)五月，升为南京国子监司业、洗马。万历二十年（1592）七月，又由南京翰林院侍读学士升为南京国子监祭酒。正在士林声望日隆之际，余孟麟竟-乞归，家居二十多年，享年83岁。余孟麟为明代书法家，善真草。
著有《幼峰学士集》三十二卷。