马仁辉，长汀策武乡人，民国三年(1914)生于贫农家庭。二十年(1931)十月，他带领几个有志青少年报名参加中国工农红军。翌年十二月，加入共产主义青年团，二十四年(1935年)十月转为中共党员。参加过第四、五次反“围剿”战役。其中在水口、武平战斗中，英勇善战，独身一人坚守阵地。长征过草地时，他身染重病，仍以顽强的毅力走出草地。到达陕北后，参加过直罗镇、吴起镇等战役。
抗日战争时期，马仁辉历任连长、团参谋、作战科长、副团长、副政委。参加了平型关大战，长期在苏北坚持敌后游击战。在参加指挥盐阜、湖垛、沈韩庄等战斗中，给予日军和伪军韩德勤部队有力打击。为苏北敌后根据地的巩固和发展作出了突出的贡献。
解放战争时期，马仁辉历任团长、副师长、野战军招待处处长，参加过辽沈战役和平津战役，在长期的革命战争中，多次负伤屡建战功，荣获三级八一勋章，二级独立自由勋章、二级解放勋章。
1950年5月，马仁辉调民航工作。历任民航局上海办事处副处长，华东分局副局长，上海管理局局长兼党委书记。1968年，任中国民航总局副局长、局长、党委书记。曾多次出色地完成组织专机接送国家领导人和外国领导人的任务，并多次代表国家与其它国家和地区举行通航谈判及签订通讯协定。参加并领导国家重要国防航线的开辟工作和国防机场的修建、扩建工作，为国家民航事业的创建和发展做出重要贡献。
1979年8月15日，马仁辉在北京病逝，终年65岁。